wgcna分析做出的图叫什么名字
一、wgcna分析做出的图叫什么名字
wgcna分析做出的图叫数据可视化
WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基因。
适用于复杂的数据模式，推荐5组(或者15个样品)以上的数据。一般可应用的研究方向有：不同器官或组织类型发育调控、同一组织不同发育调控、非生物胁迫不同时间点应答、病原菌侵染后不同时间点应答。
基本原理
从方法上来讲，WGCNA分为表达量聚类分析和表型关联两部分，主要包括基因之间相关系数计算、基因模块的确定、共表达网络、模块与性状关联四个步骤。
第一步计算任意两个基因之间的相关系数（Person Coefficient）。为了衡量两个基因是否具有相似表达模式，一般需要设置阈值来筛选，高于阈值的则认为是相似的。但是这样如果将阈值设为0.8，那么很难说明0.8和0.79两个是有显著差别的。因此，WGCNA分析时采用相关系数加权值，即对基因相关系数取N次幂，使得网络中的基因之间的连接服从无尺度网络分布(scale-freenetworks)，这种算法更具生物学意义。
第二步通过基因之间的相关系数构建分层聚类树，聚类树的不同分支代表不同的基因模块，不同颜色代表不同的模块。基于基因的加权相关系数，将基因按照表达模式进行分类，将模式相似的基因归为一个模块。这样就可以将几万个基因通过基因表达模式被分成了几十个模块，是一个提取归纳信息的过程。
二、大麦WGCNA分析
参考文献
High-resolution spatiotemporal transcriptome mapping of tomato fruit development and ripening
关于文章中WGCNA方法参数
文章中参数主要包括一下内容
① 转录组数据基因输入参数
选取变异系数CV值大于1的基因作为输入数据进行分析
② 计算软阈值参数
设定的软阈值soft power为16，TOM结构类型为signed，也是推荐的结构类型。
③ 设定最小模块基因数目参数
最小模块基因数目为30，模块设定的多少，决定分出来模块的多少
④ 相似模块合并参数
前面设定最小模块数目后，基因会分成不同的模块，计算模块之间的相关性后，相关性高的模块进行合并，文章中的参数设定为0.25，也就是说相关性高于0.75的就合并在一起。
⑤ 模块内hub基因筛选参数
模块内基因的筛选主要从两个参数进行筛选，第一个参数是模块内的基因跟模块的相关性高于0.9，然后利用FDR 相关性计算基因跟性状的相关性。
设定软阈值，
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soft软阈值设定的原理
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三、等位基因数据分析有哪些内容
等位基因数据分析有蛋白质和DNA的分析。根据查询相关公开信息，等位基因主要是对蛋白质和DNA进行分析，对位于一对同源染色的相同位置上控制着相对性状的一对基因。如红绿色盲基因和正常的色觉基因都位于X染色体上，一个女性有两个X染色体，这两个染色体就是同源染色体。
四、权重降低，是否会影响到整站
或多或少都会有影响的
五、分析内链与外链对网站起什么作用？
户对的作用 主要是以相互传递权重为主
六、网站的权重主要和什么有关系？？？
权重就是整体网站在所有网站中的影响力，其实相对人来说可以是权威性。这要求网站有全面发展的能力或者潜质，才会被搜索引擎和人有更认同。我的网站百度的权重到了二，很高兴，一直都是用SKYCC做站外优化，自己亲手做站内优化的。
